NGS現場の会第五回研究会での発表

NGS現場の会第五回研究会にて、我々のラボから複数の発表があります。ぜひお立ち寄りください。

口頭発表

  1. 團野宏樹. 高出力1細胞トランスクリプトーム解析と多細胞生物学
  2. 笹川洋平. Flow cytometryを用いた高出力1細胞RNA-seq 法Quartz-Seq2の開発とそれを支えるKAPA Hyper Prep

ポスター発表 (ライトニングトーク)

  1. 1細胞RNA-seqの実験手法に関する発表
    1. 林哲太郎. 完全長を捉える新規1細胞トータルRNAシーケンス法の開発
    2. 梅田茉奈. RamDA-seq法を用いた1細胞完全⻑トータルRNAシーケンスのライブラリー作製ワークフロー
  2.  NGSデータ解析手法に関する発表
    1. 尾崎遼. ⼀細胞エンハンサーRNA解析でエンハンサーのゆらぎを捉える
    2. 露崎弘毅. 超大規模1細胞RNA-Seqデータ解析のためのオンライン型主成分分析法の開発
    3. 松本拡高. 空間、1細胞RNA-seq、重ねて
    4. 芳村美佳. コンテナ仮想とデータ解析フレームワークを用いた
柔軟で再現性のある1細胞RNA‒Seqデータ解析環境の構築
  3. NGSデータ解析インフラに関する発表
    1. 石井学. パブリッククラウドを利用した容易で再現性のあるNGSデータ解析環境構築
    2. 松嶋明宏. コンテナ型仮想化技術を用いたNGSデータ解析環境の構築と運用
  4. 我々が実験やデータ解析の協力をした共同研究者の発表
    1. 森田梨津子. 毛包幹細胞の起源と誘導メカニズムの解明を目指して
    2. 岩本 一成. スーパーエンハンサーを介した転写因子NF-κBの遺伝子発現制御機構の解明

パブリッククラウドにNGS解析環境を構築

Microsoft Azure上に、Bayes Linux を利用して、DNAシーケンスデータ解析環境を開発しました。この活動がマイクロソフト社のウェブサイトで紹介されました。

国際競争の激しいゲノム研究に新たな活力を。オープンソース × Microsoft Azure 活用で、先進のデータ解析環境をより多くの大学・研究機関へ提供

JST CREST採択

科学技術振興機構 (JST) 戦略的創造研究推進事業 (CREST) 統合1細胞解析のための革新的技術基盤「臓器・組織内未知細胞の命運・機能の1細胞オミクス同時計測 (代表: 二階堂愛)」に採択されました。新しい1細胞シーケンス実験技術とデータ解析技術の研究開発を進めます。

研究員を募集しています。以下をご覧ください。
http://www.riken.jp/careers/researchers/20161011/

1細胞ソーティングの総説が出版されました

センター研究員の林哲太郎さんが、羊土社「新版フローサイトメトリー」に寄稿しました。1細胞RNA-seq, RT-qPCRのための1細胞ソーティング技術の詳細や、その関連技術の紹介を書きました。
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758101967/index.html

Amazon でも購入できます。
https://www.amazon.co.jp/dp/4758101965

RNA二次構造予測から見る転写領域の配列的制約

理研バイオインフォマティクスセミナーを実施します。

【タイトル】 RNA二次構造予測から見る転写領域の配列的制約
【講師】 河口 理紗(東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 博士課程3年)

【要旨】 近年の大規模なRNA二次構造解析の結果から、mRNAに存在する多様な二次構造特性と機能との関連性が明らかになってきました。しかし実験・計算機的な限界から、スプライシングに大きく影響を及ぼすといわれているイントロン領域に関しては、その全体像は未解明でした。
そこで我々はParasoRというRNA二次構造並列計算ソフトウェアを開発し、これによりイントロンを含むpre-mRNA配列やゲノム全体に対する様々な二次構造シミュレーションが可能となりました。
今回は、RNA二次構造予測と実験的な解析手法について、またゲノムワイドな二次構造予測によって明らかになった、転写物における二次構造の安定性と、スプライスサイト周囲の特徴的な二次構造についてお話ししたいと思います。

参加申し込み

https://atnd.org/events/79024

参加対象者

ライフサイエンス・バイオインフォマティクスに関連する研究者、技術者、学生。アカデミアでも企業でも可。

理研外の参加者の方へ

理研外の方は、西門守衛所にて一時入構手続きを行う必要があります。
手続きの際は 行き先:情報基盤棟 尾崎、目的:セミナーとしてください。
理研へのアクセス、構内地図はこちらです。

連絡

理化学研究所 情報基盤センター
バイオインフォマティクス研究開発ユニット
尾崎遼