Publications

Scientific papers (Peer-review)

  1. Matsumoto H, Kiryu H, Furusawa C, Ko MSH, Ko SBH, Gouda N, Hayashi T, Nikaido I. SCODE: An efficient regulatory network inference algorithm from single-cell RNA-Seq during differentiation. 2016. (submitted). bioRxiv
  2. G. Morota, F. Peñagaricano, J. L. Petersen, D. C. Ciobanu, K. Tsuyuzaki and I.
    Nikaido. An application of MeSH enrichment analysis in livestock. Animal Genetics. 2015.
  3. Koki Tsuyuzaki, Gota Morota, Takeru Nakazato, Satoru Miyazaki and Itoshi Nikaido. MeSH ORA framework: R/Bioconductor packages to support MeSH over-representation analysis. BMC Bioinformatics. 2015, 16:45.
  4. Kenjiro Adachi*, Itoshi Nikaido*, Hiroshi Ohta, Satoshi Ohtsuka, Hiroki Ura, Teruhiko Wakayama, Hiroki R. Ueda & Hitoshi Niwa. Context-Dependent Wiring of Sox2 Regulatory Networks for Self-Renewal of Embryonic and Trophoblast Stem Cells. Molecular Cell. 2013. (*Equally contributions)
  5. Sasagawa Y*, Nikaido I*, Hayashi T, Danno H, Uno KD, Imai T and Ueda HR. Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA sequencing method, reveals non-genetic gene-expression heterogeneity. Genome Biology. 14. 2013 (*Equally contributions)
  6. Yoshimoto N, Kida A, Xu J, Kurokawa M, Iijima M, Niimi T, Maturana AD, Nikaido I, Ueda HR, Tatematsu K, Tanizawa K, Kondo A, Fujii I & Kuroda S. An automated system for high-throughput single cell-based breeding. Scientific Reports 3, Article number: 1191. 2013.
  7. Okamura-Oho Y, Shimokawa K, Takemoto S, Hirakiyama A, Nakamura S, Tsujimura Y, Nishimura M, Kasukawa T, Masumoto K, Nikaido I, Shigeyoshi Y, Ueda HR, Song G, Gee J, Himeno R, Yokota H. Transcriptome Tomography for Brain Analysis in the Web-Accessible Anatomical Space. PLoS ONE 7(9): e45373. 2012
  8. Kasukawa T*, Masumoto KH*, Nikaido I*, Nagano M, Uno KD, Tsujino K, Hanashima C, Shigeyoshi Y, Ueda HR. Quantitative expression profile of distinct functional regions in the adult mouse brain. PLoS One. 2011;6(8):e23228. Epub 2011 Aug 12. (*Equally contributions)
  9. Tokuzawa Y, Yagi K, Yamashita Y, Nakachi Y, Nikaido I, Bono H, Ninomiya Y, Kanesaki-Yatsuka Y, Akita M, Motegi H, Wakana S, Noda T, Sablitzky F, Arai S, Kurokawa R, Fukuda T, Katagiri T, Schönbach C, Suda T, Mizuno Y, Okazaki Y. Id4, a new candidate gene for senile osteoporosis, acts as a molecular switch promoting osteoblast differentiation. PLoS Genet. 2010 Jul 8;6(7):e1001019.
  10. Suzuki K, Ohbayashi F, Nikaido I, Okuda A, Takaki H, Okazaki Y, Mitani K. Integration of exogenous DNA into mouse embryonic stem cell chromosomes shows preference into genes and frequent modification at junctions. Chromosome Res. 2010 Feb;18(2):191-201. Epub 2010 Feb 23.
  11. Nakachi Y, Yagi K, Nikaido I, Bono H, Tonouchi M, Schönbach C, Okazaki Y. Identification of novel PPARgamma target genes by integrated analysis of ChIP-on-chip and microarray expression data during adipocyte differentiation. Biochem Biophys Res Commun. 2008 Jul 25;372(2):362-6. Epub 2008 May 19.
  12. Nikaido I, Saito C, Wakamoto A, Tomaru Y, Arakawa T, Hayashizaki Y, Okazaki Y. EICO (Expression-based Imprint Candidate Organizer): finding disease-related imprinted genes. Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32:D548-51.
  13. Nikaido I, Saito C, Mizuno Y, Meguro M, Bono H, Kadomura M, Kono T, Morris GA, Lyons PA, Oshimura M, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1402-9.
  14. Kasukawa T, Furuno M, Nikaido I, Bono H, Hume DA, Bult C, Hill DP, Baldarelli R, Gough J, Kanapin A, Matsuda H, Schriml LM, Hayashizaki Y, Okazaki Y, Quackenbush J. Development and evaluation of an automated annotation pipeline and cDNA annotation system. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1542-51.
  15. Bono H, Nikaido I, Kasukawa T, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Comprehensive analysis of the mouse metabolome based on the transcriptome. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1345-9.
  16. Bono H, Yagi K, Kasukawa T, Nikaido I, Tominaga N, Miki R, Mizuno Y, Tomaru Y, Goto H, Nitanda H, Shimizu D, Makino H, Morita T, Fujiyama J, Sakai T, Shimoji T, Hume DA, Hayashizaki Y, Okazaki Y; RIKEN GER Group; GSL Members. Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays. Genome Res. 2003 Jun;13(6B):1318-23.
  17. Okazaki Y, Furuno M, Kasukawa T, Adachi J, Bono H, Kondo S, Nikaido I, Osato N, Saito R, Suzuki H, Yamanaka I, Kiyosawa H, Yagi K, Tomaru Y, Hasegawa Y, Nogami A, Schönbach C, Gojobori T, Baldarelli R, Hill DP, Bult C, Hume DA, Quackenbush J, Schriml LM, Kanapin A, Matsuda H, Batalov S, Beisel KW, Blake JA, Bradt D, Brusic V, Chothia C, Corbani LE, Cousins S, Dalla E, Dragani TA, Fletcher CF, Forrest A, Frazer KS, Gaasterland T, Gariboldi M, Gissi C, Godzik A, Gough J, Grimmond S, Gustincich S, Hirokawa N, Jackson IJ, Jarvis ED, Kanai A, Kawaji H, Kawasawa Y, Kedzierski RM, King BL, Konagaya A, Kurochkin IV, Lee Y, Lenhard B, Lyons PA, Maglott DR, Maltais L, Marchionni L, McKenzie L, Miki H, Nagashima T, Numata K, Okido T, Pavan WJ, Pertea G, Pesole G, Petrovsky N, Pillai R, Pontius JU, Qi D, Ramachandran S, Ravasi T, Reed JC, Reed DJ, Reid J, Ring BZ, Ringwald M, Sandelin A, Schneider C, Semple CA, Setou M, Shimada K, Sultana R, Takenaka Y, Taylor MS, Teasdale RD, Tomita M, Verardo R, Wagner L, Wahlestedt C, Wang Y, Watanabe Y, Wells C, Wilming LG, Wynshaw-Boris A, Yanagisawa M, Yang I, Yang L, Yuan Z, Zavolan M, Zhu Y, Zimmer A, Carninci P, Hayatsu N, Hirozane-Kishikawa T, Konno H, Nakamura M, Sakazume N, Sato K, Shiraki T, Waki K, Kawai J, Aizawa K, Arakawa T, Fukuda S, Hara A, Hashizume W, Imotani K, Ishii Y, Itoh M, Kagawa I, Miyazaki A, Sakai K, Sasaki D, Shibata K, Shinagawa A, Yasunishi A, Yoshino M, Waterston R, Lander ES, Rogers J, Birney E, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team. Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature. 2002 Dec 5;420(6915):563-73.
  18. Mizuno Y, Sotomaru Y, Katsuzawa Y, Kono T, Meguro M, Oshimura M, Kawai J, Tomaru Y, Kiyosawa H, Nikaido I, Amanuma H, Hayashizaki Y, Okazaki Y. Asb4, Ata3, and Dcn are novel imprinted genes identified by high-throughput screening using RIKEN cDNA microarray. Biochem Biophys Res Commun. 2002 Feb 8;290(5):1499-505.
  19. Kawai J, Shinagawa A, Shibata K, Yoshino M, Itoh M, Ishii Y, Arakawa T, Hara A, Fukunishi Y, Konno H, Adachi J, Fukuda S, Aizawa K, Izawa M, Nishi K, Kiyosawa H, Kondo S, Yamanaka I, Saito T, Okazaki Y, Gojobori T, Bono H, Kasukawa T, Saito R, Kadota K, Matsuda H, Ashburner M, Batalov S, Casavant T, Fleischmann W, Gaasterland T, Gissi C, King B, Kochiwa H, Kuehl P, Lewis S, Matsuo Y, Nikaido I, Pesole G, Quackenbush J, Schriml LM, Staubli F, Suzuki R, Tomita M, Wagner L, Washio T, Sakai K, Okido T, Furuno M, Aono H, Baldarelli R, Barsh G, Blake J, Boffelli D, Bojunga N, Carninci P, de Bonaldo MF, Brownstein MJ, Bult C, Fletcher C, Fujita M, Gariboldi M, Gustincich S, Hill D, Hofmann M, Hume DA, Kamiya M, Lee NH, Lyons P, Marchionni L, Mashima J, Mazzarelli J, Mombaerts P, Nordone P, Ring B, Ringwald M, Rodriguez I, Sakamoto N, Sasaki H, Sato K, Schönbach C, Seya T, Shibata Y, Storch KF, Suzuki H, Toyo-oka K, Wang KH, Weitz C, Whittaker C, Wilming L, Wynshaw-Boris A, Yoshida K, Hasegawa Y, Kawaji H, Kohtsuki S, Hayashizaki Y; RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team and the FANTOM Consortium. Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. Nature. 2001 Feb 8;409(6821):685-90.
  20. Nikaido I, Asamizu E, Nakajima M, Nakamura Y, Saga N, Tabata S. Generation of 10,154 expressed sequence tags from a leafy gametophyte of a marine red alga, Porphyra yezoensis. DNA Res. 2000 Jun 30;7(3):223-7.

日本語総説・書籍 (Scientific Review & Books in Japanese)

  • 2016
  • 2015
    • 二階堂愛, 1細胞からのlncRNAの網羅的計測. 実験医学増刊. ノンコーディングRNAテキストブック. 2015年10月. 羊土社.
    • 露崎弘毅, 二階堂愛. 1細胞RNA-Seqのヒートマップによる可視化と相互情報量による発現分布差解析 (R+biomaRt+reshap2+ggplot2+entory). 次世代シークエンサーDRY解析教本. 2015年10月. 秀潤社. 
    • 二階堂愛, iPS・分化細胞集団の不均質性を1細胞・全遺伝子解像度で高速計測する技術の開発. 再生医療 ー新たな医療を求めてー. 2015(刊行予定). 日本臨牀社
    • 二階堂愛, 笹川洋平. 網羅的な1細胞遺伝子発現計測とデータ解析手法の現状と将来. 2015年1月. 実験医学. 羊土社.
  • 2014
    • 二階堂愛 (編). 次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY. 羊土社. 2014
      • 二階堂愛. RとBioconductorでChIP-seqデータを解析する.
      • 笹川洋平. 二階堂愛. 1細胞から遺伝子発言を網羅的にみる
      • 團野宏樹. 笹川洋平. 二階堂愛. メチル化結合タンパク質でDNAメチル化を定量する.
    • 荒引健, 石田基広, 高橋康介, 林真広, 二階堂愛R言語上級ハンドブック. シーアンドアール研究所
  • 2013
  • -2011
    • 二階堂愛: オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス (1, 2, 4章, 付録A, B). Open Bio Japan編, 東京電機大学出版局. 2008.
    • 二階堂愛: 医学・生物学研究のための検索エンジン活用. バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法, 改訂第2版. 羊土社. 2007.
    • 二階堂愛. 知識ベースを利用した分子間相互作用 – IPAの利用法. 分子間相互作用解析ハンドブック. 羊土社. 2007.Itoshi Nikaido: 第4章 2色蛍光スポット型アレイの前処理 (Chapter 4: Preprocessing Two-Color Spotted Arrays), RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス (Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor), pp. 55-79, Springer Japan, 2007.
    • 二階堂愛. 第5章 セルベースアッセイ (Chapter 5: Cell-Based Assays), RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス (Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor), pp. 81-105, Springer Japan, 2007. 
    • 二階堂愛. 統計解析環境Rのゲノム解析向けライブラリ集 Bioconductor. 人工知能学会誌. vol.22 no.1 (2007年1月)
    • 二階堂愛. バイオインフォマティクスの扉を開き、裾野を広げるKNOB. 特集:バイオインフォマティクスの親潮流, 日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター 第12号. Feb. 2006.
    • 二階堂愛. 遺伝学とマイクロアレイの統合による疾患遺伝子の発見. ゲノム情報はこう活かせ!比較ゲノム学を遺伝子・タンパク質の機能解析や疾患遺伝子探索に活用する. 岡崎康司、坊農秀雅 編集 羊土社 ISBN 4-89706-485-6. 2005
    • 二階堂愛. 第2章. 配列の収集と蓄積. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ 第2版. 岡崎康司、坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル. ISBN4-89592-426-2. (原著 “Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2nd edition” by David W. Mount Cold Spring Harbor Laboratory Press) 2005. 
    • 二階堂愛. ゲノムネットワーク時代を生き抜くためのシグナルパスウェイと遺伝子ネットワークの知識ベース.  2005. テクノトレンド. Bioテクノロジージャーナル. 1-2月号.  羊土社. 
    • 二階堂愛. ゲノム医学研究のためのインターネットリソース. ゲノムと疾患. 村松正實 監修 南山堂 ISBN 4-52513-051-2. 2004
    • 坊農秀雅、八木研、仲地豊、二階堂愛、岡崎康司 脂肪・骨芽細胞分化ネットワークのクロストークと冗長性の解明. 2004
    • 二階堂愛. 配列の取扱い.  EMBOSSを用いた配列解析への手引き. JAMBO JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator’s Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)
    • 二階堂愛. EMBOSSを用いた配列解析への手引き. JAMBO JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator’s Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)
    • 二階堂愛. EMBOSSのインストール. EMBOSS管理者の手引き. JAMBO (Japan EMBOSS Users Group). (原著 The Administrator’s Guide by David Martin, Peter Rice, Alan Bleasby)
    • 二階堂愛. 第2章. 配列の収集と蓄積. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ. 岡崎康司、坊農秀雅 監訳 メディカルサイエンスインターナショナル ISBN4-89592-307-X. (原著 “Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis” by David W. Mount Cold Spring Harbor Laboratory Press)