我々のラボに見学を希望される方や配属される方から、事前にどのような勉強をすればよいか、とよく聞かれます。ここでは我々のラボで研究するうえで役に立つ知識を自習できる教材について書きます。
大学の教養で習う程度の分子生物学・細胞生物学・計算科学・情報科学・統計科学のいずれか1つを身につけていることが前提です。
- 計算機
- Linux標準教科書: 無料のLinuxの教科書。ゲノム科学のデータ解析はLinux/Unixで行います。基本的なLinuxの知識が勉強できます。
- Linuxサーバー構築標準教科書: 6.3 「sshによるリモートログイン」と1.6「RAID」のみ読んでください
- Linuxセキュリティ標準教科書: windowsのかたのみ6.3 サーバへの接続（Windows＋Tera Term）を読んでください。Macの場合はOSに含まれている terminal.appを利用してください
- 高信頼システム構築標準教科書 (以下の部分だけ)
- 4.3 サーバ間のデータの同期（rsync）
- 4.4 NAS 共有ストレージ（NFS）
- 7章 システム監視の7.1から7.2まで
- 10章 サーバの仮想化
- 11章 仮想サーバを構築する（Xen 編）の11.1のみ
- 12章 仮想サーバを構築する（KVM 編）の12.1のみ
- HPC (high-performance computing) / Cloud Computing / 仮想計算機
- Univa Grid Engine (UGE) 利用法: 共用計算機でのジョブ管理システムの利用法。我々のラボではOGSやSlurmを使っていますが参考になります。
- AWSによるクラウド入門: クラウドやコンテナ、サーバレスなどが学べます。機械学習が例になっておりデータ解析のためにクラウドを利用する方法が理解できます。
- プログラマのためのDocker教科書: 解析ソフトウェアはホストOSに直接インストールせずにdockerで実行します。そのための知識が得られる本です。
- ゲノムインフォマティクス
- 生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場
- Dr. Bonoの生命科学データ解析
- 次世代シークエンサーDRY解析教本
- LANGMEAD LAB @ JHU Teaching Materials: 配列解析アルゴリズムの実装
- ワークフロー言語でデータ解析ワークフローを記述する: ワークフロー言語CWLの紹介。ラボで利用しているのはNextflowやSnakemakeですが参考になります。
- DBCLS 統合TV: ゲノム科学に関する講演やチュートリアルの動画が無償で閲覧できます。
これらの教材は読むだけでなく実際に手元の計算機で再現してみることが重要です。うまくいかない場合はよく調べたあと、SNSに著者らがいますので質問してみましょう。
- 1細胞ゲノム科学
- 数理科学やプログラミング
- 目的応じてこちらから選んでください
- 数学：物理を学び楽しむために: 数学の復習におすすめ
- R
- Python
- 我々の研究内容
- プレゼンテーション
プレゼンテーション
必須ではありませんがおすすめする書籍はこちらからみれます。
有用な教材を提供して頂いているみなさまに感謝します。