シーケンスデータ解析などバイオインフォマティクスを学びたい方
現在は、ウェブや書籍が多く出版されているため、それらを参考に自習することも可能です。以下にお勧めの教材を示しておきます。
我々のラボでは、研究開発とともに、ラボへの短期・中期的な滞在やインターン、連携大学院制度を利用して、バイオインフォマティクス、特にDNAシーケンスデータ解析について、教育も行っております。我々のラボに滞在した場合も、以下の教材で自習して頂くことが中心になります。そのほかに、研究を実施できるブース・デスク、計算環境提供、ラボ内での自由な質問と専用チャットチャンネルの提供、研究デザインや研究過程での議論、論文執筆・投稿などをサポートします。
以下の教材は、我々のラボに参加する上で、最低限の知識を得るためにも活用できます。
1. バイオインフォマティクス全般
統合TV
様々なチュートリアル動画がある。
Dr. Bonoの生命科学データ解析
初学者が最初に読むべき本。
次世代シークエンサーＤＲＹ解析教本
シーケンス解析の基礎から応用まで。やることが決まっているならばこの本から読む。
次世代シークエンス解析スタンダード〜NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
シーケンス技術全般について学べる。古い本だが、基本的な概念は変っていないので参考になる。
2. RNA-seq
NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック〜発現解析からncRNA、シングルセルまであらゆる局面を網羅! (実験医学別冊)
RNA-seqに関連する実験技術を一通り学べる。
トランスクリプトーム解析 (シリーズ Useful R 7)
少々出版日が古いが基本的な考え方をハンズオンで学べる良書。
3. 1細胞RNA-seq
シングルセル解析プロトコール〜わかる! 使える! 1細胞特有の実験のコツから最新の応用まで (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
1細胞関連のシーケンス技術をまとめた本。分野を横断的に眺めるのによい。
Analysis of single cell RNA-seq data
1細胞RNA-seqデータ解析のチュートリアル。
4. Linux
Linux標準教科書
LInuxの操作ができないとDNAシーケンスデータ解析を実施するのは困難。これはフリーの教科書でPDFで入手できる。これだけ読めばほかの書籍は必要ない。
5. R言語
整然データとは何か
データ解析をするうえで知っておくべき考えかた。
R for Data Science
モダンなRの使い方を理解する近道。R for Data Scienceは書籍化されている。翻訳も出ている(Rではじめるデータサイエンス)。
R言語徹底解説
なんとなくRが使えるが理解しているとはいえない、という人が上級へ進むための本。
再現可能性のすゝめ (Wonderful R 3)
データ解析にも再現性が必要です。また解析結果をレポートにまとめて誰かに結果を正しくわかりやすく伝える必要があります。その誰かは数ヶ月後の自分である場合もあります。Rで再現良い解析とレポート作成をするテクニックについてあり、必読です。類書に「ドキュメント・プレゼンテーション生成」があります。
Rの基礎的な使いかたから、統計解析、可視化、レポート作成など一望できる。
RStudioではじめるRプログラミング入門
プログラミング言語としてのRを学ぶ本。プログラミング初心者はこの本から。ほかの言語が書ける人がR言語を学ぶときにも役に立つかも。