統合バイオメディカルシステム国際研究センター(CIBiS)ワークショップ 「数理・インフォマティクスとバイオ工学の接点」にて、センター研究員の團野さんが招待講演をしました。マイクロ流体装置で数千から数万の1細胞RNA-seqを実施するという話をしました。

團野宏樹、笹川洋平、二階堂愛. １細胞解析で交わる次世代シーケンシングとマイクロフルイディクス

BMB2015では2件のワークショップでの発表。1件のポスター発表を行います。奮ってご参加ください。以下のリンクを開くにはオンライン要旨集にログインする必要があります。

• [2W16-p-5] 二階堂愛 et. al. Quartz-Seq RamDAによる非ポリA mRNAの1細胞発現解析
• [3W24-3] 露崎弘毅 et. al. 文献注釈情報MeSHを利用した網羅的な遺伝子の機能アノテーションパッケージ
• [3P0819] 小杉孝嗣 et. al. 転写ネットワーク変化を網羅的に同定するシークエンス技術の開発 (ポスター)

WACODE（わこうど）は、データ解析、統計、機械学習、プログラミングを活用する現場の人間が理研和光地区に集まり、交流・情報交換を行うイベントです。

今回のテーマは「多次元データの解釈」です。

https://atnd.org/events/70878

データ解析、統計、機械学習、プログラミングを活用する現場の人間が理研和光地区に集まり、交流・情報交換を行うイベントです。

今回のテーマは「そのままでは使いづらいデータの解析」です。

https://atnd.org/events/68466

データ解析、統計、機械学習、プログラミングを活用する現場の人間が理研和光キャンパスに集まり、交流・情報交換を行うイベントです。

今回のテーマは「でかくて困っているデータ解析」です。

https://atnd.org/events/67196

NGS現場の会はDNAシーケンス技術やそれを用いた研究に関わる研究者や技術者、ビジネスパーソンが集まる研究会です。実務的な情報交換・発信・議論を行うのが特徴的です。7/1-3に筑波にてNGS現場の会第四回研究会が実施されます。

バイオインフォマティクス研究開発ユニットからも以下のような発表があります。

• バイオインフォマティクス
  • ポスター
    • 露崎弘毅: 大規模1細胞RNA-Seqからの異種細胞検出法の開発
    • 芳村美佳: Galaxyによる1細胞RNA-Seqデータ解析ワークフローの構築
    • 尾崎遼. ChIP-SeqデータからDNAモチーフを抽出するMOCCSとその応用 (前所属である高木研・岩崎研での研究です)
• 実験技術
  • 口頭発表
    • 林哲太郎: 1細胞Quartz- Seqのハイスループット化と検出遺伝子数改善 
  • ポスター
    • 笹川洋平: non-poly-A RNAも検出できる1細胞RNA-seq法の開発と比較
    • 海老澤昌史: 1細胞 Quartz-seqの96ウェルプレートへの実装
• 座長
  • 二階堂愛: 1細胞・微量シーケンスの未来を支える 次世代の実験・データ解析技術：手法 応用技術開発
•  企業との連携
  • ポスター
    • 日本ジェネティクス株式会社, 笹川洋平: Hyper Prepでの微量DNAライブラリー作製の最適化（LIMPrep2）
    • Agilent Technoogies. 微量AMPure精製や他社プロトコルにも対応 Bravo NGS自動化システム

また我々が開発した1細胞RNA-Seq法であるQuartz-Seqを利用して頂いた発表もありました。(漏れていたら申し訳ありません。)

• 中村やまみ et. al.: Ion Protonを用いたQuartz-Seqの現状
• 榊原恵子 et. al.: 世代交代を制御する転写因子KNOX２の下流遺伝子の探索

では筑波でお会いしましょう。

次世代DNAシーケンスのプロトコール本を羊土社より出版しました。ユニットリーダーの二階堂が監修し、研究員の笹川、團野も執筆に参加しています。

次世代シークエンス解析スタンダード
NGSのポテンシャルを活かしきるWET&DRY
二階堂　愛／編 定価 5,500円＋税
2014年08月 発行 B5判 404ページ
ISBN 978-4-7581-0191-2

エキソームやエピゲノムや1細胞RNA-Seq など、医療現場から非モデル生物、生物資源まで各分野の現場で実際に使えるプロトコールやテクニックを集めました。データ解析についても基本的なことから書いてあります。論文には書いていないコツなども満載です。ぜひ手に取ってみてください。感想もお待ちしております。

一時、品切れが続いていましたが、現在は以下のサイトから購入が可能です。

• 羊土社実験医学オンライン 「次世代シークエンス解析スタンダード」
• Amazon 「次世代シークエンス解析スタンダード」

また本屋では「生物学」のコーナーではなく「基礎医学」に分類されて陳列されていることが多いようです。

文科省「創薬等支援技術基盤プラットフォーム 解析拠点機能ゲノミクス領域B」に、二階堂愛ユニットリーダーが代表として採択されました。超微量RNAシーケンス法の研究開発と、その技術の提供を進めていきます。

• 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業
• 平成26年度「創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業」の実施機関等の決定について

H27理研基礎科学特別研究員の公募が始まりました。待遇は、任期3年で月額48.7万円(住宅・交通費別)+年100万円の研究費です。うちでも、ドライ・ウエット共に受け入れていますので是非どうぞ。一緒に新しい1細胞オミックスの技術開発や、それを使った1細胞生物学の研究を進めましょう!

バイオインフォマティクス研究開発ユニットの研究内容はこちらです。
理研基礎科学特別研究員の応募についてはこちらをご覧ください。

理研には、理研の研究室に大学院生を採用し、研究指導を行う「大学院生リサーチ・アソシエイト (JRA)」というフェローシップ制度があります。この制度により、我々の研究室も大学院生を受け入れすることができます。理研版の学振DCのようなものです。

今年は我々の研究室への配属を目指して2名の大学院生がトライしましたが、2名とも合格し、採用することができることになりました。ひとりは、東邦大学大学院博士課程前期2年(現在)の小杉孝嗣さんで、新しいシーケンス実験技術の開発を目指します。もうひとりは、東京理科大学薬学研究科薬科学専攻博士後期課程2年(現在) 宮崎研究室(生命情報科学研究室)の露崎弘毅さんで、1細胞オミックスのデータ解析手法やソフトウェア開発に取り組みます。おめでとうございました。

現在の募集状況について
我々のラボでは、理研の制度であるJRAだけでなく、自前の研究費でインターンも募集しています。博士課程後期の場合は時給1300-1500円、前期の学生は1000-1300円ぐらいで、いずれも週最大26時間です。学部生は相談ください。

理研では学振PDを受け入れることができますので、ご興味あるかたはお気軽に連絡してください。また理研基礎特別研究員制度もご検討ください。

ウェットではなく、バイオインフォマティクスに関しては、これらのフェローシップとは別に、ラボの人件費で、研究員(月額35万円以上で経験に応じて相談、住宅・通勤手当あり)、テクニカルスタッフ(月額30万円以上で経験に応じて相談、住宅・通勤手当あり)をそれぞれ若干名、採用できますので連絡をお待ちしております。