Microsoft Azure上に、Bayes Linux を利用して、DNAシーケンスデータ解析環境を開発しました。この活動がマイクロソフト社のウェブサイトで紹介されました。
国際競争の激しいゲノム研究に新たな活力を。オープンソース × Microsoft Azure 活用で、先進のデータ解析環境をより多くの大学・研究機関へ提供
Microsoft Azure上に、Bayes Linux を利用して、DNAシーケンスデータ解析環境を開発しました。この活動がマイクロソフト社のウェブサイトで紹介されました。
国際競争の激しいゲノム研究に新たな活力を。オープンソース × Microsoft Azure 活用で、先進のデータ解析環境をより多くの大学・研究機関へ提供
科学技術振興機構 (JST) 戦略的創造研究推進事業 (CREST) 統合1細胞解析のための革新的技術基盤「臓器・組織内未知細胞の命運・機能の1細胞オミクス同時計測 (代表: 二階堂愛)」に採択されました。新しい1細胞シーケンス実験技術とデータ解析技術の研究開発を進めます。
研究員を募集しています。以下をご覧ください。
http://www.riken.jp/careers/researchers/20161011/
第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP 2016)にて、訪問研究員の松本拡高さんが最優秀口頭発表賞に選ばれました。発表タイトルは以下の通りです。
Hirotaka Matsumoto, Hisanori Kiryu and Itoshi Nikaido. Inference of gene regulatory network and drivers of differentiation from time-course single-cell RNA-Seq.
訪問研究員の松本拡高さんと基礎特別研究員の尾崎遼さんが、DDBJデータ解析チャレンの優秀賞を受賞しました。
第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016) 「バイオインフォマティクスにブレイクスルーをもたらしうる大規模測定技術」セッションで、團野宏樹センター研究員が「高出力1細胞トランスクリプトーム解析の現状と展開」という題目で講演を行いました。
センター研究員の林哲太郎さんが、羊土社「新版フローサイトメトリー」に寄稿しました。1細胞RNA-seq, RT-qPCRのための1細胞ソーティング技術の詳細や、その関連技術の紹介を書きました。
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758101967/index.html
Amazon でも購入できます。
https://www.amazon.co.jp/dp/4758101965
WACODE(わこうど)は、データ解析、統計、機械学習、プログラミングを活用する現場の人間が理研和光地区に集まり、交流・情報交換を行うイベントです。
今回は夏期講習として、Python, R, Juliaによるパッケージ開発を一日で学びます。
理研バイオインフォマティクスセミナーを実施します。
【タイトル】 RNA二次構造予測から見る転写領域の配列的制約
【講師】 河口 理紗(東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 博士課程3年)
【要旨】 近年の大規模なRNA二次構造解析の結果から、mRNAに存在する多様な二次構造特性と機能との関連性が明らかになってきました。しかし実験・計算機的な限界から、スプライシングに大きく影響を及ぼすといわれているイントロン領域に関しては、その全体像は未解明でした。
そこで我々はParasoRというRNA二次構造並列計算ソフトウェアを開発し、これによりイントロンを含むpre-mRNA配列やゲノム全体に対する様々な二次構造シミュレーションが可能となりました。
今回は、RNA二次構造予測と実験的な解析手法について、またゲノムワイドな二次構造予測によって明らかになった、転写物における二次構造の安定性と、スプライスサイト周囲の特徴的な二次構造についてお話ししたいと思います。
ライフサイエンス・バイオインフォマティクスに関連する研究者、技術者、学生。アカデミアでも企業でも可。
理研外の方は、西門守衛所にて一時入構手続きを行う必要があります。
手続きの際は 行き先:情報基盤棟 尾崎、目的:セミナーとしてください。
理研へのアクセス、構内地図はこちらです。
理化学研究所 情報基盤センター
バイオインフォマティクス研究開発ユニット
尾崎遼
センター研究員の團野宏樹さんが、16th International Xenopus Conferenceの口頭発表に選ばれました。
Hiroki Danno, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido
Disassembling regionalization of neuroectoderm by single-cell transcriptome analysis
WACODE(わこうど)は、データ解析、統計、機械学習、プログラミングを活用する現場の人間が理研和光地区に集まり、交流・情報交換を行うイベントです。
今回のテーマは「データ可視化」です。詳細は以下のサイトをご覧ください。