RNA二次構造予測から見る転写領域の配列的制約

理研バイオインフォマティクスセミナーを実施します。

【タイトル】 RNA二次構造予測から見る転写領域の配列的制約
【講師】 河口 理紗(東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 博士課程3年)

【要旨】 近年の大規模なRNA二次構造解析の結果から、mRNAに存在する多様な二次構造特性と機能との関連性が明らかになってきました。しかし実験・計算機的な限界から、スプライシングに大きく影響を及ぼすといわれているイントロン領域に関しては、その全体像は未解明でした。
そこで我々はParasoRというRNA二次構造並列計算ソフトウェアを開発し、これによりイントロンを含むpre-mRNA配列やゲノム全体に対する様々な二次構造シミュレーションが可能となりました。
今回は、RNA二次構造予測と実験的な解析手法について、またゲノムワイドな二次構造予測によって明らかになった、転写物における二次構造の安定性と、スプライスサイト周囲の特徴的な二次構造についてお話ししたいと思います。

参加申し込み

https://atnd.org/events/79024

参加対象者

ライフサイエンス・バイオインフォマティクスに関連する研究者、技術者、学生。アカデミアでも企業でも可。

理研外の参加者の方へ

理研外の方は、西門守衛所にて一時入構手続きを行う必要があります。
手続きの際は 行き先:情報基盤棟 尾崎、目的:セミナーとしてください。
理研へのアクセス、構内地図はこちらです。

連絡

理化学研究所 情報基盤センター
バイオインフォマティクス研究開発ユニット
尾崎遼

CIBiS Workshopで1細胞シーケンスとマイクロ流体装置についての招待講演

統合バイオメディカルシステム国際研究センター(CIBiS)ワークショップ 「数理・インフォマティクスとバイオ工学の接点」にて、センター研究員の團野さんが招待講演をしました。マイクロ流体装置で数千から数万の1細胞RNA-seqを実施するという話をしました。

團野宏樹、笹川洋平、二階堂愛. 1細胞解析で交わる次世代シーケンシングとマイクロフルイディクス

BMB2015で2件のワークショップでの講演があります

BMB2015では2件のワークショップでの発表。1件のポスター発表を行います。奮ってご参加ください。以下のリンクを開くにはオンライン要旨集にログインする必要があります。

近年の機械学習と自然言語処理技術のバイオインフォマティクスへの応用とその展望

日時 :2015/11/24 (火) 15:00 to 16:30
定員 :30 人
会場 :理化学研究所 和光キャンパス 情報基盤棟2階 大会議室(埼玉県和光市広沢2-1)

理研バイオインフォマティクスセミナーシリーズを開催します。今回は、奈良先端科学技術大学院大学の椿真史さんをお迎えし、ご講演頂きます。

内容
【タイトル】 近年の機械学習と自然言語処理技術のバイオインフォマティクスへの応用とその展望

【講師】 椿真史(奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 博士後期課程2年)

【要旨】 本セミナーではまず、機械学習を用いた自然言語処理技術について概観します。それらの技術の中でも特に近年では、表現学習や深層学習といった手法が盛んに研究されています。これらの手法は、自然言語処理だけでなくバイオインフォマティクスにおいても適用可能であり、本セミナーでは特に、タンパク質構造予測への応用についてお話します。また、その他のバイオインフォマティクス研究においても、機械学習と自然言語処理の技術がどのように役立てられるのかを、みなさんと一緒に議論したいと思います。

参加対象者
機械学習、自然言語処理、バイオインフォマティクスに関連する研究者、技術者、学生。アカデミアでも企業でも可。

atndから参加登録をお願いします。https://atnd.org/events/72326

理研外の参加者の方へ
理研外の方は、西門守衛所にて一時入構手続きを行う必要があります。 手続きの際は 行き先:情報基盤棟 露崎、目的:セミナーとしてください。 理研へのアクセス、構内地図はこちらです。

参加費
無料

連絡
理化学研究所
情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット
露崎弘毅 (koki.tsuyuzaki [at] gmail.com)

Introduction to Julia for bioinformatics

参加申し込み: Introduction to Julia for bioinformatics

日時 :2015/11/19 (木) 16:30 to 17:30
定員 :30 人
会場 :理化学研究所 和光キャンパス 情報基盤棟2階 大会議室(埼玉県和光市広沢2-1)

理研バイオインフォマティクスセミナーシリーズを開催します。東京大学の佐藤建太さんをお迎えし、科学計算などで話題の汎用プログラミング言語Juliaについてご講演いただきます。

早くからJuliaによるプログラミングやライブラリ開発に取り組まれており、バイオインフォマティクス向けJuliaライブラリ群であるBioJuliaにおけるDNAシークエンサーデータ解析関連の技術開発もされています。

内容

【タイトル】 Introduction to Julia for bioinformatics
【講師】 佐藤 建太(東京大学 大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 修士2年)

参加対象者

バイオインフォマティクスに関連する研究者、技術者、学生。アカデミアでも企業でも可。

atndから参加登録をお願いします。

理研外の参加者の方へ

理研外の方は、西門守衛所にて一時入構手続きを行う必要があります。
手続きの際は 行き先:情報基盤棟 尾崎、目的:セミナーとしてください。
理研へのアクセス、構内地図はこちらです。

連絡

理化学研究所 情報基盤センター
バイオインフォマティクス研究開発ユニット
尾崎遼