新しい論文のプレプリント公開しました。この研究は広大の落合博さんとの共同研究です。

この研究では、哺乳類細胞の遺伝子発現ゆらぎと転写バーストの関係をゲノムワイドに解析しました。まず、1細胞RNA-seqを利用してES細胞の発現ゆらぎと転写バーストの関連を調べました。我々が2018年に発表したRamDA-seqを利用しています。転写バーストの動力学はポリコームや転写伸長因子など、プロモーターと遺伝子本体に結合するタンパク質によって決定されていました。

次に、ゲノム編集ライブラリを使って、ゲノムワイドに転写バーストに関わる遺伝子をスクリーニングしたところ、Akt/MAPKシグナル伝達経路が転写伸長効率の調節を介してバースト速度を調節することが明らかになりました。
このプレプリントは、現在、国際学術誌で専門家による査読を受けており、将来的に採択されれば出版となります。

Hiroshi Ochiai, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Akihito Harada, Yukiko Shimizu, Kenta Nakano, Noriko Saitoh, Hiroshi Kimura, Zhe Liu, Takashi Yamamoto, Tadashi Okamura, Yasuyuki Ohkawa, Itoshi Nikaido. Genome-wide analysis of transcriptional bursting-induced noise in mammalian cells. bioRxiv. (under review)